Прибавилась версия хирурга-консультанта пушкинской поликлиники Евдокии Васильевны Баскаковой-Богачёвой.
Незадолго до войны писатель перенёс очередную операцию, тёща и дочь также имели проблемы со здоровьем, поэтому семья Беляевых эвакуироваться отказалась[8]. Беляев в это время был полулежачим больным, встававшим только чтобы умыться и поесть[17]. С началом войны Беляев безуспешно пытался опубликовать фантастический рассказ «Чёрная смерть» о неудавшейся подготовке нацистскими учёными бактериологической войны. Он послал рукописи в газету «Красная звезда» и журнал «Ленинград», но ему ответили отказом[17]. В это время он продолжает работать сотрудником газеты «Большевистское слово» (г. Пушкин Ленинградской области), его последняя публикация датирована 26 июня 1941 года в газете «Большевистское слово» № 76 (502). До конца жизни продолжал работать, что подтверждается частично сохранившимся архивом (л. 117—121, т. 1)[30].
17—19 сентября 1941 года город Пушкин был оккупирован нацистами. Гестапо заинтересовалось документами писателя. Из дома исчезла папка с документами, все бумаги Беляева перебрали во время тайного обыска. Маргарита Константиновна по вечерам переносила рукописи будущих романов в тёмный чулан соседней квартиры, оставленной жильцами. Писатель тяжело заболел и больше уже не вставал. Беляев умер от голода на 58-м году жизни.
Как вспоминает Светлана Александровна Беляева:
Зимой сорок второго есть нам было уже совсем нечего, все запасы подошли к концу. Соседи уехали и отдали нам полкадки перекисшей капусты, на ней и держались. Отец и раньше ел мало, но пища была более калорийной, кислой капусты и картофельных очисток ему не хватало. В результате он начал пухнуть и 6 января 1942 года скончался. Мама пошла в городскую управу с просьбой похоронить его не в общей могиле. Там к ней отнеслись по-человечески, но зимой выкопать могилу было очень сложно, к тому же кладбище было далеко, а в городе остались только одна живая лошадь и один могильщик, которому платили вещами. Мы расплатились, но нужно было ждать очереди, тогда мы положили папу в пустой соседней квартире и стали ждать. Через несколько дней с него кто-то снял всю одежду и оставил в одном белье. Мы завернули его в одеяло, а через месяц (это случилось 5 февраля) нас с мамой увезли в Германию, так что похоронили его без нас. Уже потом, через много лет, мы узнали, что в управе сдержали обещание и похоронили отца рядом с профессором Черновым, с которым они подружились незадолго до смерти. Его сын любил фантастику[31].
Большинство источников указывает дату смерти писателя 6 января 1942 года, взятую из воспоминаний его дочери Светланы Беляевой. Зеев Бар-Селла, основываясь на дневниках Лидии Осиповой[4][5], определяет дату смерти Беляева как «не позднее 23 декабря 1941»[7]. В дневнике Осиповой содержится запись, датированная 23 декабря 1941 года:
Писатель Беляев, что писал научно-фантастические романы вроде «Человек-амфибия», замёрз от голода у себя в комнате. «Замёрз от голода» — абсолютно точное выражение. Люди так ослабевают от голода, что не в состоянии подняться и принести дров. Его нашли уже совершенно закоченевшим…
— Дневник Лидии Осиповой[4][5][6]
Соседка Осиповой по Пушкину, в годы оккупации — хирург-консультант пушкинской поликлиники Евдокия Васильевна Баскакова-Богачёва, оставившая воспоминания, оспаривала некоторые утверждения Осиповой. С Беляевым Баскакова познакомилась за два года до войны, когда лечила его от грыжи. Согласно Баскаковой, уже лежачий Беляев, бывший её пациентом, ожидал со дня на день исполнения обещания немецкого коменданта Пушкина отправить его в Псков редактировать газету на русском языке, о чём похлопотали в штабе. Иными словами, ради выживания и куска хлеба писатель был вынужден согласиться на гражданский коллаборационизм. Последний раз Баскакова приходила на квартиру к Беляевым 5 января, за сутки до его гибели. Хронический туберкулёзный спондилит на фоне голода обострился. Беляева могло бы спасти молоко, которое давало шанс на выживание писателя и которое смогла добыть Баскакова, принёсшая молоко на дом. Согласно мемуарам Баскаковой, частичным виновником смерти писателя была супруга, боявшаяся голода и потому сберегавшая продукты для дочери и не кормившая писателя. Жена писателя с началом оккупации «устроилась на работу в одну из немецких кухонь. Конечно, она была сыта сама и приносила домой суп, корки хлеба и мёрзлый картофель, который сами немцы не ели. Но тут появлялась для жены и матери дилемма: кого кормить? Скорее, кому отдать лучшую и большую часть — мужу или дочери? И отдавала дочери»[32]. Последний визит Баскакова описывала так[33]:
Я так была уверена в достаточной помощи со стороны его жены, так была загипнотизирована виденным в их квартире супом из гороха и целого ведра мерзлой картошки, что мне в голову не приходила мысль о близкой развязке. И он, конечно, осознавал неправильность распределения продовольствия, но что он мог сказать? Его красноречивый взгляд, брошенный на открытую в кухню дверь в тот последний мой визит с молоком, открыл мне его трагедию, да было уже поздно. Кажется, всего два-три дня носила ему сестра Беднова молоко, а потом уже — смерть.
Обидно то, что все-таки пропитания было достаточно и для Светланы, и для него; и мать, и бабушка ели на немецкой кухне (старуха тоже работала у немцев, так как владела немецким языком). Но все-таки один раз я видела их обеих — и Светлану, евших принесенный суп, а А.[лександр] Р.[оманович] лежал рядом в нетопленной комнате. Кровать стояла далеко от стены, а рядом с кроватью большая, высокая книжная полка-шкаф. Тогда еще я подумала, что это очень опасно, при разрыве [бомбы] полка завалится прямо на него. Я ему это не сказала, потому что и без этого достаточно случайностей. Помню, лежал он на кровати, одетый в зимнее пальто, и на голове была высокая шапка чернаго каракуля. А уж чего другого, а тепла-то ему можно было предоставить вволю. Когда жена с матерью и дочерью эвакуировались в феврале 1942 г. вместе с фольксдойчами, я была при посадке их на машины около помещения S.D. и тогда высказала ей сожаление, что с ними нет Александра Романовича. Добавила я ей и свои соображения на этот счет, но было ее жаль, она очень смутилась.
Баскакова до конца жизни корила себя, что не добыла достаточного количества молока для спасения Беляева.
Тёща писателя была шведкой, названной при рождении двойным именем Эльвира-Иоанетта. Незадолго до войны при обмене паспортов ей оставили только одно имя, а также записали её и дочь немками. Из-за этой записи в документах жене писателя Маргарите, дочери Светлане и тёще немцы присвоили статус фольксдойче[34], и они были угнаны немцами в плен, где находились в различных лагерях для перемещённых лиц на территории Польши и Австрии до освобождения Красной Армией в мае 1945 года. После окончания войны они были сосланы в Западную Сибирь[35]. В ссылке они провели 11 лет[36]. Дочь замуж не выходила, детей не имела[8].
Александр Романович Беляев похоронен в братской могиле вместе с учёным С. Н. Черновым. Место захоронения писателя достоверно неизвестно. Памятная стела на Казанском кладбище города Пушкина установлена на могиле его жены, которая была похоронена там в 1982 году[8].